Maar enkele maanden na zijn pensioen komt de kardinaal in opspraak in ‘Operatie Kelk’, het grote onderzoek naar seksueel misbruik in de kerk. Er vinden huiszoekingen plaats in het aartsbisschoppelijk paleis. De bisschop wordt ervan verdacht het misbruik van bisschop Vangheluwe in de doofpot te hebben gestopt. Hij zou ook niet naar de politie zijn gegaan met brieven van andere slachtoffers.
Er volgt een speciale kamercommissie. Daar biedt Godfried Danneels zijn verontschuldigingen aan aan de slachtoffers van het misbruik. Maar zelf treft hij geen schuld, zegt hij.
